Los microorganismos resistentes a los antimicrobianos se han convertido en una verdadera amenaza para el ser humano sin importar su género, edad o condición socioeconómica. En este problema está involucrada la práctica de la medicina veterinaria ya que también se ha demostrado este mismo fenómeno de resistencia en diversas especies animales, y existe la posibilidad de transmitir este tipo de gérmenes al ser humano mediante la cadena alimenticia.
A pesar de que actualmente el fenómeno de la resistencia de los microorganismos a los antimicrobianos se ha venido documentando cada día con mayor precisión en países industrialmente desarrollados, el fenómeno también ha sido claramente identificado en países en desarrollo. En la actualidad se conoce de la severidad del problema; sin embargo, su magnitud a nivel mundial está pobremente definida.

La literatura científica registra cada vez con mayor frecuencia casos de gérmenes resistentes a los antibióticos como Streptococus pneumoniae en casos de neumonías, infecciones auditivas y meningitis; Staphylococus aureus, en casos de infecciones de piel, huesos, pulmón y sangre; Escherichia coli en casos de infecciones del tracto urinario; Salmonella en infecciones transmitidas por alimentos y enterococos y Klebsiella en infecciones transmitidas en centros de salud.

En algunas áreas de Estados Unidos de América más del 30% de los hallazgos de S. pneumoniae no son susceptibles a la penicilina y la resistencia a varias drogas es común. Aproximadamente el 11% de S. pneumoniae son resistentes a cefalosporinas de tercera generación y ya se ha notificado de resistencia a las fluoroquinolonas de nueva creación. Hasta 1997 la vancomicina constituía el único tratamiento uniformemente efectivo para el tratamiento de infecciones por S. aureus, sin embargo, a partir de ese año se han conocido cepas de S. aureus con menor susceptibilidad a la vancomicina. En casos de otras enfermedades como tuberculosis, gonorrea, malaria y algunas causadas por hongos, los gérmenes están tornándose resistentes a las terapias de rutina.

El problema de la resistencia antimicrobiana ha venido a complicar el problema de la morbilidad y mortalidad asociada a las enfermedades bacterianas mediante la elevación de los costos directos por servicios de salud y los indirectos por hospitalizaciones prolongadas y mortalidad. En Estados Unidos de América se ha observado que la mortalidad se duplica en pacientes con infecciones de bacterias resistentes a los antibióticos cuando se comparan a infecciones causadas por bacterias similares que no son resistentes a los antibióticos. A la vez, el problema se complica por los elevados costos que resultan de la investigación y el desarrollo de nuevos antibióticos, lo cual ha desencadenado en una dramática reducción en la aparición de nuevas clases de antibióticos.

El problema de la resistencia antimicrobiana es un fenómeno natural y no podrá ser eliminado ni con el uso adecuado de los antimicrobianos. Para su solución integral se necesita de la participación activa de los cuatro sectores principalmente involucrados: medicina humana, medicina veterinaria, acuicultura y horticultura. En medicina humana sobresalen aspectos como uso racional, aseguramiento de calidad de drogas, control de infecciones hospitalarias e inmunizaciones cuando sea procedente. En medicina veterinaria sobresalen: uso prudente de antimicrobianos, mejorar sustancialmente la higiene en la producción pecuaria y desarrollar medios alternos para el control de infecciones, los cuales contribuirían activamente a la contención del problema.

La caracterización del problema dista mucho de estar completa; uno de los principales asuntos en el campo veterinario es el relativo a la administración de antibióticos a los animales como promotores del crecimiento; hay opiniones en el sentido de que la información epidemiológica disponible no demuestra un aumento de las enfermedades infecciosas como resultado del uso de los antibióticos promotores del crecimiento y por otro lado, hay opiniones que indican que los antibióticos deberían ser utilizados únicamente para infecciones bacterianas, proponiendo el uso de los antibióticos sólo para tratar animales enfermos en oposición a los hatos o parvadas como una unidad.

Las bacterias del tracto intestinal pueden efectivamente contaminar las canales de los animales en los rastros, entre estas se encuentran Escherichia coli, Salmonela y Campilobacter, llegando a afectar la salud pública. Lo anterior se complica, ya que fluoroquinolonas como la ciprofloxacina son utilizadas regularmente como tratamiento empírico en casos de diarrea severa en humanos y el surgimiento de campilobacteriosis resistentes a las fluoroquinolonas en las aves podría comprometer la salud pública al reducir la efectividad de los tratamientos.